技術專欄
基因芯片數據量已經超過客戶分析范圍，均需要借助一些專業軟件來進行統計分析。如何能夠挖掘大數據量？獲得更優質的數據分析結果呢？我們建立專題來進行討論。
生物數據分析相關軟件大全
測序??峰圖轉化 Phred/Phd2Fasta ；載體屏蔽 cross_match 36；序列聚類拼接；引物設計 Primer3
序列的比對
全局比對 ??Clustalw ；MUSCLE ；HMMER
局部比對 ??Blast ；blat ；blastz ；GeneWise ；Fasta ；Exonerate ；Sim4
重復序列分析??RepeatMasker；Trf ；LTR_STRUC
RNA分析 ??Glimmer ；GlimmerM ； Genscan ；TwinScan ； BGF ；Fgenesh ； InterproScan ； WEGO
SNP分析 ??Polyphred ；SNPdetector ；cross_match
進化分析專題??Phylip ；Paml ；KaKs_Calculator ； FGF ；mega
基因表達分析專題 ??EST(Expressed Sequence Tag)表達序列標簽分析； EST分析流程；EST Pipeline(BEP)
生物芯片(Microarray)分析??Motif預測 ；MEME/MAST系統； MDScan
蛋白質結構預測??Threading方法
生物學相關網址
功能基因組分析
Transcription profiling technologies??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html
Protocols for cDNA array technology ??http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html
Data management and analysis of gene expression arrays??http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML
GeneFiltersTM(Research Genetics)??http://www.resgen.com
Gene Discovery Arrays (Genome Systems)??http://www.genomesystems.com
AtlasTM Arrays (CLONTECH)??http://www.clontech.com
BioEdit ??http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
Primer3（PCR引物設計）??http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi
Putative DNA Sequencing Errors Check??http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/
多種數據庫、分析工具和生物信息學機構??http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools
多種數據庫和分析工具??http://www.ebi.ac.uk/Tools/
Comparative sequence analysis??http://www.bork.embl-heidelberg.de/
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